Le cobaye transmet peu de maladies à l'homme, il peut toutefois être vecteur d'acariens et de la galle.
Les affections les plus courantes sont d'ordre DIGESTIF, RESPIRATOIRE ou PARASITAIRE, manque de vita C et méningite.
LE RHUME (bronchite ou coryza) est dû au stress, à des courants d'air, des variations de température, un virus ou une bactérie. Les symptômes en sont un écoulement nasal d'abord clair puis purulent, de la fièvre, une grande fatigue, une respiration difficile, des éternuements et un larmoiement. Comme la diarrhée, cette maladie peut dégénérer rapidement et entraîner le décès du cochon d'inde. Un traitement antibiotique est nécessaire.
L'OTITE elle est due à un coup de froid ou tout simplement à une petite mycose mal soignée sur l'oreille. Les symptômes sont la tête penchée sur un côté et une difficulté à marcher. Le traitement vétérinaire consite en pommades, lotions ou antibiotiques, faute de quoi l'animal peut en mourir.
LES BALLONNEMENTS (Tympanite) changement de nourriture brusque, trop de fourrage vert, qui se soignent bien par un régime à base de foin.
LA DIARRHE doit être traitée rapidement sous peine d'entraîner le décès du cochon d'inde en 24-72 heures. Les symptômes en sont des crottes molles, des cris (assez forts) quand il fait ses crottes, un manque d'appétit, une faiblesse (apathie), de la fièvre, des douleurs au ventre importantes. Sur avis vétérinaire la diarrhée se soigne par un régime à base de foin et en donnant si possible à manger les crottes de cobayes sains.
L'EMPOISONNEMENT de cause alimentaire ou autre. Les symptômes sont la perte d'appétit, l'animal ne boit plus, reste toute la journée allongé sur le côté et lorsqu'on le saisit sa tête penche sur le côté. Il faut aller très vite chez le vétérinaire car en moins de 24 heures le cochon d'inde meurt.
LES ANOMALIES DENTAIRES (malocclusion dentaire): dues à un mauvais positionnement des dents qui ne peuvent plus s'user et poussent de façon excessive.
LA CROISSANCE EXCESSIVE DES GRIFFES : due à un manque d'espace pour bouger ou un sol très mou. Elles s'allongent et se déforment, handicapant l'animal. Un vétérinaire peut les couper.
LE SCORBUT : comme les humains mais à la différence de la plupart des autres mammifères, les cobayes ne peuvent pas synthétiser leur propre vitamine C mais doivent obtenir cet aliment essentiel de la nourriture qu'ils mangent. Comme les humains, si les cobayes ne peuvent pas obtenir assez de vitamine C ils souffriront du scorbut pour finalement mourir.
LES PARASITOSES : Teigne, poux, gale et acariens peuvent provoquer des fortes démangeaisons, inflammations, croûtes et chutes de poils.
LA MENINGITE : grave infection à méningocoque ou virale.
LA TOXEMIE DE GESTATION dégénérescence du foie ayant lieu en fin de gestation et début de lactation. Maladie mortelle en 12 heures. Il faut veiller à ce que la femelle ne s'empâte pas.
Les cochons d'inde peuvent également développer des tumeurs. Si elles sont traitées à temps et accessibles elles peuvent être opérées avec un bon pronostic.